我国棉花害虫种类繁多，据报道有300多种，造成危害的有20～30种，年发生面积都在2亿亩次以上，防治面积在3亿亩次以上。自上世纪90年代以来，由于生态、气候、品种等变化，特别是在黄河流域、长江流域棉区，转Bt基因棉的大面积种植，棉铃虫等鳞翅目害虫得到有效控制，但棉蚜、棉叶螨、棉盲蝽、棉粉虱等刺吸式害虫的发生却日趋加重，对棉花生产影响很大。目前，由于农民超剂量、盲目用药普遍，加速了棉花害虫抗药性上升的速度，棉蚜已经对菊酯类药剂产生了极高的抗性，最高达到数千甚至上万倍；对新烟碱类药剂吡虫啉抗性达到了500倍以上；棉铃虫对拟除虫菊酯类药剂抗性仍然是居高不下，而且对转Bt基因棉的抗性有逐年上升趋势。
从2012年开始，全国农技推广服务中心与公益性行业（农业）科研专项作物害虫抗药性监测与治理技术示范与推广项目组合作在河南省西华县、山东省滨州市建立了棉花害虫抗药性治理技术示范区，通过开展抗药性监测、治理药剂的田间效果验证、轮换用药等措施，达到延缓棉花害虫抗药性发展、减少农药使用量的目的。为了防止棉花害虫抗药性的快速发展，专家在经过大量调查、试验研究的基础上提出了在棉区开展不同作用机理的杀虫剂轮换使用的方案，取得了突出的效果。
棉蚜：发生通常有两个高峰期，分别为苗蚜和伏蚜发生期。苗蚜防治可以采用种子拌种或茎叶喷雾，种子拌种可选用吡虫啉、噻虫嗪；茎叶喷雾防治苗蚜，可选用丁硫克百威、吡虫啉、烯啶虫胺。伏蚜防治可选用啶虫咪、噻虫嗪或者氧化乐果。
棉盲蝽：7～8月份是棉盲蝽高发期，前期防治可选用马拉硫磷、高效氯氟氰菊酯；中期可选用阿维菌素或甲维盐、硫双威；后期防治使用啶虫咪、吡虫啉等。
棉叶螨：从5月下旬至8月中下旬是棉叶螨发生期，通常有2～3个发生高峰。前期防治可选用双甲脒、唑螨酯、哒螨灵；中后期防治可选用阿维菌素、炔螨特、螺螨酯。
棉铃虫：6月份防治可选用高效氯氟氰菊酯、氟氯氰菊酯、辛硫磷、丙溴磷、氟铃脲；7月份防治可选用硫双威、多杀菌素；8月份防治可选用阿维菌素、甲维盐、茚虫威。
棉蓟马：棉花苗期和花铃期发生比较重，防治棉铃虫的药剂均能起到兼治作用。如需单独防治，第一次防治可选用高效氯氟氰菊酯；第二次防治可选用毒死蜱或阿维菌素。
