随着棉花的大量进口，疫病疫情传入传出的风险也日益增加。2013年，张家港检验检疫局在进境棉花中截获各类疫情28种507种次，国内首次在进境棉花的集装箱中查获小麦印度腥黑穗病(TIM)。
针对频发的疫病疫情，张家港检验检疫局采取有效措施积极应对，将有害生物堵在国门之外，确保经济社会安全。一是健全和完善动植检业务协调机制，注重提升进口棉花检疫人员素质和能力，建好国门生物安全防御体系。二是加大对进境棉花及其装载集装箱的检疫查验力度，加大开箱抽查和掏箱查验比例，切实履行好检验检疫把关职责。三是实施严格的检疫除害处理措施，彻底消灭谷斑皮蠹等重要检疫性有害生物，防止重大疫病疫情随集装箱传入我国。四是加强对进口棉花存储仓库、查验场地、进口棉花使用企业等场所的疫情监测和防控，防止重大有害生物在辖区内定殖和扩散。
