当棉花价格走低，影响了棉农的种植积极性时，目标价格补贴制度下，只需要政府掏钱给农民即可，农民自己会算账，继续种棉花合不合适。
与目标价格补贴制度的精确和相对独立比较，棉花收储制度的影响环节更多，对市场本身的运行冲击更大，而对于保护棉农收入这一政策目标的实现，却需要更多转换过程。
在棉花收储制度下，如果棉花价格走低，低到政府认为会影响棉花种植的稳定性时，政府指定的棉花收储企业会进入市场托市收购。在理想状态下，有收储企业托市，其他棉花购买者也会跟着把价格调高，农民积极性和收入得到保护。
但是在实际运行中，收储却变成了“独家”收购，收储企业敞开收购，纺织厂等用棉企业并不跟随调价。用棉企业更加迫切追求的是国际市场低价棉花。棉花国内价格变成了收储价格，一不小心政府再次成了价格制定者。
其实，在对弱势产业的政府补贴制度中，一直存在“补人头”还是“补砖头”的争论。所谓“补人头”，就是谁受损谁获得补贴；“补砖头”则是政府把补贴给了市场机构，并要求其贯彻政府的保护意图，某种情况下意味着补成了盖储棉仓库的砖头。这两种做法都存在，“补人头”的做法如粮食种植的直补，“补砖头”的做法如某些地区在住房政策中所做的那样，给开发商各种减免，以换取其低价售房，两种政策的运行效果，显而易见。
