2014年，棉花加工企业反映入库公检环节增加了部分企业的物流费用，原本直接运输出疆的棉花必须要先运到监管仓库，再经两次重复装卸，既费时又增加了物流成本。尤其一些零散产区缺乏监管仓库，企业还必须长途运输到其他地区。还有一些轧花厂和纺企相邻而建，往年物流费用几乎可以省去，但现在必须先运到监管仓库，再由监管仓库运到纺企，无形中增加了财务成本和时间成本。
据了解，去年入库公检短途运输费用按路程远近一般在50-100元/吨，入出库及配合公检费在50-170元/吨，不仅增加企业经营企业成本，也增加了社会物流资源耗用。
其次，2014年棉花从预约入库到成功出库至少需要5-8个工作日，一定程度上影响了企业的销售速度，增加了企业的经营风险。某棉企表示，去年棉价一路看跌，刚加工出来时皮棉市场售价在14500元/吨，结果等到出库时每吨已下降了几百元。
此外，由于皮棉未经检验入库，棉企只有尽可能按《监管棉花公证检验实施办法(暂行)》规定，将同一籽棉大垛，同一天、同一条生产线加工的棉花，进行粗略组批。入库后也不可能据检验结果重新组批，只能按检验批销售。导致纺织企业相当于购买“统花”，给企业采购和合理规划成本制造很大压力。另外由于各种等级棉花混在一起，不能真正实现优质优价。
2015年棉花目标价格补贴政策细则对入库公检环节进行了优化，提高了效率，缩短了入库、公检到出库的时间。部分棉企表示，这次提到的入库公检没有给我们带来惊喜，和去年相比，变化不大，至于提到的缩短入库公检时间，也要经过实际检验后才可以看出来。其实棉企最大的愿望是能够实现在库组批，从而最大限度实现优质皮棉最大价值，同时也可以使下游纺企根据自己产品特色购买到性价比最高的皮棉。
至于今年降低了申请新疆棉花监管仓库的条件，某棉企认为起到的作用有限，可能会方便一些棉企入库公检，但对多数企业来说，这个问题并不具有普遍性。
