中国较大型的棉纺企业都在新疆设立了子公司，新疆80%的棉纺加工企业位于阿克苏纺织工业园，大多是单纯的棉纱加工企业，产业链低端。喀什距阿克苏较近，区位优势强，加上各项优惠政策，为棉纺加工企业向综合保税区“梯度转移”铺路。棉纺企业一线进境就可享受免证免(保)税。喀什纺织服装企业借势山东如意纺织工业园，发展高端产业链，高端服装设计及建设品牌，打造互补性优势、实现互利共赢。
国内60%以上较大型医药化工企业在南疆设有子公司，大部分位于喀什地区周边区县，这些企业把半成品深加工结转后，大都进入国内保税区。甘草加工企业入驻喀什综保区，既能享受退税等系列优惠政策，周边区县、国家还有充足的甘草原料。
中国出口到中亚国家的商品中，机电产品占据重大份额，喀什综保区鼓励区机电产品、机械装备等制造维修企业入驻，在区内企业开展高技术、高附加值、无污染的境内外维修业务，海关参照保税加工监管模式实施管理，还将解决原有模式下仅能进行“两头在外”维修业务的业务局限性。
国内汽车行业将接近产能峰值，在未来2-3年面临严重的产能过剩问题，国内汽车加工、组装业企业可借喀什综保区挖掘中亚市场，就近布局存储基地，打造汽车新市场。
借助喀什综保区，信息技术设备企业、风电、光伏发电、核电等新能源产业在喀什大有发展前景。
