而反对者则认为，转基因农作物诞生至今时间不长，还不足以证明它对人体和环境无副作用，而大量转基因作物的进口也容易冲击传统农业。
由于转基因作物优势和争议均极其明显，我国目前对境外转基因作物采用保守进口制，即实行审批制下的有限进口，审批的内容包括作物的环境安全性、使用安全性、安全等级以及境外批准状况等。此外，目前对转基因粮食作物的商业化尚未放开，也不允许转基因粮食种子进口后实行商业种植。
根据今年3月国际农业生物技术应用服务组织(ISAAA)发布的年度报告，全世界转基因作物种植面积的前五名国家分别为美国、巴西、阿根廷、加拿大、印度，第六位则是中国，国内种植面积约400万公顷，主要为抗虫棉。
