由于棉花种植区域分散、面积不明，直补资金如何保证补贴到种植农户的手中，具体到是按亩补还是量补，有关部门似乎暂时还没有周全的办法。
“如果新疆实行试点，就会和其他地区政策形成‘双轨制’。在新疆执行棉花直补，其他地区实行收储，将引发市场套利行为；但如果其他地区无收储无补贴，将极大地影响棉农的种植积极性。这些都是需要考虑的问题。”杨国琦称。
杜珉建议，棉花体制改革应该实行“三步走”：首先是做好对棉农的补贴，包括直接补贴、农资补贴、良种补贴、农机补贴；二是改革最低收购价政策，比如实行目标价格和反周期补贴；三是加强农业保险，遇到重大灾害时能够保障棉农利益。
但对市场人士来说，改变并不一定这么复杂。“不走棉花直补，把加工配额放开，是不是也能解决这个问题？让纺织企业和农业都在一个公平市场化的环境中生存，这是一个规律，纺织行业不好，棉农也没什么好日子过，市场总是要培育的。”华茂集团董事长詹灵芝称。
